钟sir（许绍雄饰）与伙计遇到交通意外，幸得有心地善良的范树娃（薛凯琪饰）的救助。钟sir眼看树娃的善良与智勇，便设法让家中贫困的树娃进入了警校。在警校中，钟sir及伙计们努力让树娃得到好成绩，好让她能进入自己的队里。树娃最后也被派到了钟sir的一队，得知树娃想嫁一个有钱人，关爱树娃的众人也极力帮忙，刚好一个从日本来的刑警伊豆（铃木仁饰）前来搜集钟sir那组的偷懒证据，大家想撮合伊豆及树娃两人。得知伊豆的真实身份后，不服输的他们决定在限定的时间内破一宗大案。刚好警队高层的女儿跟犯罪分子勾结，树娃无意间发现了真相，便开始了他们的破案行动……
警察乐一言（古天乐饰）的独生女遭杀害，凶手施害手法极其残忍……这一切都指向亡命之徒宋境南（林家栋饰）。怒火中烧的乐一言决定拼死一搏，为女复仇。两位父亲，三起命案，以爱为名的杀女之仇，这一次他一定要手刃真凶。
调查局机动组组长方国辉（刘德华）为人干练嫉恶如仇，与手下对周朝先（梁家辉）经营的电玩场进行监拍时，拿到其经营地下赌场的证据，将其告上法庭，岂料法官被收买，周朝先被判无罪当庭释放。与黑金挂勾的侯部长（李立群）暗中施压，调查局勒令方国辉休假，停止对周朝先的调查。 周朝先为进一步控制台湾的政治，在记者会上公开声明要退党参选立法委员，欲与代表党竞选的黑帮老大丁宗树对着干。方国辉沮丧之际，得电视台女记者凌飞（吴辰君）和法务部冯部长的鼓励重回工作岗位，却被丁宗树盯上，欲将他杀死后再嫁祸周朝先，好一石二鸟。
1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。 重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。
