1983年，受到异星起源种·BETA侵略的东德，被拖入了令人绝望的消耗战中。 　　在这样的战况中，テオドール·エーベルバッハ少尉所属于被称作东德最强部队的第666战术机中队“黑之宣告”，他不相信祖国与他人，只为了自己能够生存下来而作为卫士投身于战斗中。 　　有一次テオドール为了拯救在战场中孤立无援的战术机而和中队长アイリスディーナ·ベルンハルト大尉一同出击。 　　但是当得知救出来的卫士是西德军的カティア·ヴァルトハイム少尉的时候，アイリスディーナ不禁露出了惊讶的表情。 　　据カティア交代，她是为了亡命到东德而越过国境线，并提出希望加入第666中队。 　　中队的随军政治将校グレーテル·イェッケルン中尉虽一再进言此举将会引起支配东德的国家保安省的注意，但アイリスディーナ依然批准了カティナ的编入，并任命テオドール对她进行教育。 　　不想被国家保安省盯上的テオドール追问カティア亡命...

革命历228年，冬。从属于E.U.联盟联军的W Zero部队中尉阿基德（入野自由 配音）迎来了与哥哥——布里塔利亚帝国圣米迦勒骑士团的团长信?修加?夏音度（松风雅也 配音）的决斗。成濑幸也（松冈祯丞 配音）制造的炸弹虽然摧毁了帝国1/3的战斗力，但是他们仍然面对着为数众多的对手。敌我差距悬殊，获胜希望渺茫。关键时刻，骑士团下的阿修罗队队长阿修雷?阿修罗（寺岛拓笃 配音）临阵倒戈，加入阿基德他们一方。决战前夕，阿基德剪下自己的一撮头发，交到蕾拉?玛露卡尔（坂本真绫 配音）的手中。 　　历经战火的洗礼，他们之间的关系悄然发生着改变。希望还是绝望，前路迷茫……

统一历1923年6月。金发碧眼的幼女，谭雅·提古雷查夫，正作为部队勤务的一环而在北方军管区诺登战区第三巡逻线进行帝国军士官学校最终课程的研修。作为航空魔导师向着光辉履历踏出第一步的研修，平安无事地结束——本该如此。　　但事态却向着超出预料的方向转变。以协约联合的越境侵犯为契机，帝国与协约联合进入战争状态。随着转移至战时体制，谭雅被交付了观测任务，但协约联合军发动奇袭，谭雅陷入不得不与敌军魔导师中队单独交战的事态。敌众我寡，就连在我军抵达之前牵制敌军都无法做到，但逃跑的话则难免敌前逃亡的死罪，她面临这种绝望的状况。为了无论如何存活下去，并在面对高层时做到最好的应对，谭雅使用了某个战略……。　　“那是，披着幼女皮的怪物——。”

E.U.联盟和布里塔利亚帝国旷日持久的战争在皇历2010年发生转机，帝国派出压倒性的兵力突袭远东日。在很短的时间内，日本这个国家不复存在，从此作为“11区”写入历史。旧日本人民流往世界各地，饱受歧视，心中满是愤懑和不甘。2017年，E.U.联军132部队向圣彼得堡挺进，但遭到帝国军队的围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）将旧日本青年组成非正规军W Zero部队，并提出以这支部队营救132部队的建议。但是在最为凶险的前线，他们不过肩负着牺牲自己来营救友军的悲哀命运。惨烈的对决过后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。 　　而战争还远远未曾结束，新的阴谋与危机浮出水面……