大理寺少卿祁凌再次接到皇上密诏，奉旨追查拥有灵异法力的“九龙笔”，并破解其中机密。祁凌多番查探后发现此物竟与死去的父亲有关，随着九龙笔的机关被层层打开，案件也逐渐明朗，但此时朝中各股势力也在暗潮涌动，一切都没有那么简单。

　　北宋仁宗年间，汴河河畔有水怪出没，开封府受命后，第一时间派出带刀侍卫展昭追寻线索，而殿前司都虞侯邓车得知，不怀好意的将侄子邓六郎也插入了办案队伍。几人推断出这所谓的怪兽应该是机关所制成，在邓六郎的介绍下，一行人去往了当今最有名的机关大师“胜鲁班”的居所——乾坤宫，并偶遇年轻女子——公输灵。几人来到了地下鬼市，寻找制造机关傀儡的售卖商，并遇上了一个无脸人。打斗中公输灵认出无脸人是自己幼时叛出家门的亲生哥哥公输清。机关兽应该也是公输清炼制的。而他受到邓车指使，想要行刺皇上。关键时刻公输灵为展昭挡下致命一击，看着家妹逝去的公输清幡然醒悟，指证了邓车的所有罪行……

　　唐朝之初一场为缓解旱灾而组织的祈雨祭祀，却被有心之人利用，营造出“千首妖”出没的诡案。聪慧过人的死刑犯独孤也因此被圣上任命调查此案，不料却牵扯出更大的阴谋。

　　故事以皇上怀疑朝中有人勾结扶桑企图叛国，故派包拯继续以密探身份查清案情，从而引出了一系列迷雾重重、离奇诡异的案件，讲述了陈键锋饰演的包拯见招拆招、剥丝抽茧，最终牵出幕后主使，维护国家百姓安全的故事。

　　天后武则天寿宴之际，突然传出“赤目怪物”作乱迷案，武则天命令狄仁杰督办此案。狄仁杰与徒弟陈江桥来到房州调查案件，偶遇同来调查该案的不良人沈青青。三人通过对案件的调查，逐渐靠近“赤目怪物”背后的真相，并由此引发一系列连环事件。在处理这一系列事件的过程中，狄仁杰刚正不阿，将黎民苍生置于首位，表达了一种“天下兴亡匹夫有责”的责任感与使命感，最终成功破获迷案。

　　狄仁杰在前往大理寺报道任职之际，浦江境内发生杀人夺金案，现场疑点重重，不仅发现 血藤、秦川粉蝶、树妖的痕迹，还有不止一股势力出现的迹象。到现场勘查的狄仁杰遭到 护花女沈珺瑶的纠缠，与正在调查树妖杀人和黄金失窃案的女官江寒霜撞上，三人结伴调 查真相，隐藏在其中的惊天阴谋逐 渐浮出水面……

　　大宋淳祐七年，钦州灵龙镇灾患频现，民间谣言乃蛟龙作祟，需将童男童女投入锁龙井喂食蛟龙方能得享安宁。祭祀恶俗持续多时，不知多少无辜孩童葬身龙腹，灵龙镇哭声震天，家有幼童者皆人心惶惶。新科进士庄严担任主簿后，坚持进入锁龙井调查蛟龙事件，却不想竟因得罪龙王而锒铛入狱。灵龙县仵作小宛为救心上人，不远千里求请已金盆洗手的宋慈出山查明真相。案件疑点重重，宋慈和小宛联手突破重重难关，终于赶在庄严被斩之前查明真相，庄严得以平反，小宛也在众人的见证下正式向宋慈拜师学艺。然而眼看灵龙镇逐渐恢复平静，宋慈却发现原来真相并没有他想象中那么简单。

　　本片讲述了一夜之间二十七具尸体被悬挂当街，且都被抽去了骨头，死相诡谲。向来不信邪的宋慈以一种追求极致真相的态度与女助手雨墨深入调查。通过对死者关系网的盘查，宋慈发现这是起随机杀人案，有价值的是“27”这个数字，这与十年前的波旬教案有关，他向恩师耿知年请教，谁知当天二十七具尸体就在府衙中自燃，虽灰飞烟灭却有迹可寻，宋慈不得不怀疑这一切正和当年负责波旬教案的耿知年有关。与此同时，怀揣着隐秘身世的雨墨也已渐渐接近“真相”，那是她同样无法接受的真相……