雨果和父亲大山生活在一个普通的小村庄里，但她却去过一个不为人知的神奇之地，那里就是神秘世界一个与人类世界平行的神奇空间，普通人进入神秘世界，三天后就会变成动物。传说，是神创造了这个神奇的世界，每年会有99只动物被选到这里，并成为族民，族长是一只奇怪的动物，它叫啦啦，是雨果最好的朋友。雨果自从记事后，就没有见过自己的妈妈。大山告诉雨果，妈妈常年在外进行科考工作。雨果非常想念妈妈，经常给她写信。一天，雨果突然发现，她写给妈妈的信并没有寄走，而是被大山藏了起来。雨果追问妈妈的下落，大山不得已说出了埋藏在心底多年的真相。原来，雨果的妈妈也曾经发现过神秘世界。为了寻找妈妈的下落，雨果和大山再次前往神秘世界。雨果的出现，为神秘世界带来了一个充满惊喜的早晨。雨果与神秘世界中的好朋友们再次重逢，族长啦啦的法术进步神速，熊大叔暗恋上了功夫与美貌并存的原住民首领兰。好朋友们正沉浸在重逢的喜悦中，一只疯疯癫癫的企鹅出现，它说神秘世界即将毁灭，因为有一只恶龙闯入了神的领地......
这部电影的故事发生在一个和我们平行的宇宙——美食大爆炸所形成的吃货宇宙，不同的星球诸如面粉星球、大米星球、火锅星球上面生活着不同的吃货们，在这里，以传统食物为形象的主角们，将与意图抹去食物原味和下厨乐趣并统治所有星球的邪恶势力进行激烈对抗，最终引发一场疯狂的星际追逐
很久很久以前，银河系有一个大魔王叫索克大魔王，他妄想统治世界，却被一个神秘法器打败，五百年后，索克大魔王再次回来世间，并开始了一个更加离奇的计划，沙漠巨蝎、洞穴迷宫、火山巨人，喷火恐龙，外星人卡卡超越时空带着乐乐和朵朵开启一段寻找神器的冒险之旅
