香港社团“同联顺”众成员赴大陆购买制作伪钞所用电版，归程时其当家骆祥安（张兆辉 饰）为公安捉获，并最终被执行死刑，一时间骆氏遗产的分配成社团中骨干阿富（任达华 饰）、阿雄等人瞩目的焦点。岂料在黄律师（林雪 饰）主持下，遗产尽归骆祥安妻弟丽萍（廖碧儿 饰）、骆祥福所有。阿富等人大感不平，各怀鬼胎，而骆家庶出的儿子阿牛（安志杰 饰）却对这一切看似漠不关心，每日只与哑妹（蒋璐霞 饰）苦练搏击。不久，黄律师意外身亡，接着骆祥富也死于汽车炸弹，为避免死于遗产争夺，骆丽萍将所有财产在遗嘱中留给慈善组织后，又找到阿牛，以亲情说服他为自己铲除社团各位干部，于是阿牛与哑妹两人迅速向社团发难，连场血战中，遗产争夺战的幕后主使人渐渐浮出水面……

　　1991年，香港黑帮龙头倪坤被杀，倪氏家族旗下五大头目中除韩琛（曾志伟）外，均伺机背叛发难，不料却被倪家不起眼的第二代倪永孝（吴镇宇）不费一兵一卒牵制，此举引来重案祖督察黄志诚（黄秋生）的戒心，使其派出警校学生陈永仁（余文乐）渗入倪家进行长期的卧底工作，而韩琛为了巩固势力，早在警察内部安插了线人刘建明（陈冠希）。三年后，事业蒸蒸日上的倪永孝为安枕无忧，决意将五大头目一举歼灭，却因疏忽让韩琛成为漏网之鱼。
　　1997年，大难不死的韩琛重出江湖，为替死去的同事报仇，黄志诚找到他商议合作除掉倪永孝的事宜，不久却发现此举铸成大错，而各自为自己的尴尬身份苦恼的陈永仁和刘建明，则在无间道的路上越行越远。

　　1996年，香港警方预备在回归前夕涤荡黑帮势力，营造法制环境，戴先生掌控的社团首当其冲在打击范围之内。是夜，戴先生社团五大堂主之一的占米被人暗杀，身中两枪生死未卜，占米之妻张桦（蔡少芬 饰）远在台湾，授意保镖伍宝（余文乐 饰）代理老大一职调剂各方关系，阻止老二黑水（杜汶泽 饰）向其他四位堂主寻仇，咖啡（黄贯中 饰）、木星、沙纸三位堂主闻风而动，在乱局中各有盘算。真实身份是警方卧底的伍宝当夜宿醉难耐，又要在短短几小时内周旋于社团、黑水与警方之间，暗恋伍宝的亚玲（江若琳 饰）跟随相助，但社团混战随时可能爆发。另一方面，掌握了真凶的警方暗中布置，趁机派出内应把事件复杂化以便将社团一网打尽……

　　香港庙街，各路势力云集，犬牙交错。身体残疾、在黑帮老大烟铲乐手下讨生活的盲辉（曾国祥 饰）与大陆偷渡过来的女孩小惠相恋。PTU部队利用盲辉端掉黑社会团体和联胜的贩毒窝点，引发和联胜老大丧昆与烟铲乐的冲突。丧昆追杀盲辉之时，遭到乐之手下火爆的伏击，坠楼而死。
　　鉴于恶性案件时有发生，警局展开大规模扑杀行动，庙街中由黑社会把持的店铺被迫关闭。烟铲乐恼羞成怒，迁怒盲辉，致使其与女友流落街头。李永森（任达华 饰）执勤途中逮捕了滋事的小惠，令盲辉对这个导致自己幸福破碎的沙展萌生恨意……

　　1991年，香港黑帮三合会会员刘健明（刘德华）听从老大韩琛（曾志伟）的吩咐，加入警察部队成为黑帮卧底，韩琛许诺刘健明会帮其在七年后晋升为见习督察。1992年，警察训练学校优秀学员陈永仁（梁朝伟）被上级要求深入到三合会做卧底，终极目标是成为韩琛身边的红人。2002年，两人都不负重望，也都身背重压，刘健明渐想成为一个真正的好人，陈永仁则盼着尽快回归警察身份。
　　重案组从陈永仁手中获悉一批毒品交易情报，锁紧目标人物韩琛，没料情报被刘健明泄出，双方行动均告失败。但此事将双方均有卧底的事实暴露，引发双方高层清除内鬼的决心。命运迥异又相似的刘健明和陈永仁开始在无间道的旅程中接受严峻考验。